O envolvimento e a cooperação do IDN com outros parceiros, nacionais e internacionais, quer sejam estabelecimentos de ensino superior quer entidades públicas e privadas, é considerado como um ponto estratégico para a instalação, desenvolvimento e consolidação do Instituto.

Ao nível do estabelecimento das suas relações, o IDN assume uma proximidade privilegiada com os restantes organismos do Ministério da Defesa e Segurança, no plano interno, e com as Forças Armadas e as Forças e Serviços de Segurança ou com o Ministério da Educação, no plano externo.

Na que toca à integração em redes de conhecimento e de acção, estabelece relações de cooperação e intercâmbio cultural e científico com outras instituições congéneres, universidades e outros estabelecimentos de ensino superior, bem como com outros organismos públicos, privados e cooperativos, nacionais ou estrangeiros, no cumprimento das suas funções formativas e de investigação.

Destaca-se, em particular, a importância da cooperação técnico-militar e actuação em proximidade com os estabelecimentos de ensino superior público universitário militar e policial dos Países de Língua Portuguesa, bem como o reforço da posição de Timor-Leste no seio da CPLP.

Existe, igualmente, um foco para o estreitamento de relações com Instituições dos países da ASEAN e do resto da Ásia e a participação activa no ASEAN Regional Forum (ARF). Actualmente, o IDN possui protocolos de cooperação com:

Instituto Hidrográfico

   Nos termos do protocolo assinado com o Instituto Hidrográfico, a 10 de Setembro de 2013, esta instituição compromete-se a prestar formação e assessoria ao IDN para o desenvolvimento de acções relativas às ciências e tecnologias do mar, nomeadamente nas áreas de formação, da segurança da navegação, da hidrografia, da cartografia hidrográfica e das oceanografias física, química e geológica, dentro da sua disponibilidade e área de actividade.

Universidade Autónoma de Lisboa (UAL)

Assinado a 23 de Abril de 2013, o protocolo com a UAL tem por finalidade promover a cooperação entre as duas instituições com o objectivo de realizar, em conjunto, actividades de natureza académica, científica, técnica, pedagógica e cultural em áreas de interesse comum.

No âmbito do protocolo, e com o intuito de desenvolver relações de cooperação com base no estabelecimento de contactos e entendimentos mútuos, as instituições comprometem-se a realizar várias acções de cooperação, tais como, ciclos de estudo com vista à atribuição de graus académicos ou diplomas de pós-graduação; estabelecer formas de cooperação no planeamento e execução de estudos e projectos nos domínios da sua especificidade; estabelecer programas para a realização de projectos de interesse comum, estimulando a criação de grupos mistos de trabalho para constituir equipas candidatas a projectos de financiamento internacional; e, entre outras, promover o intercâmbio de pessoal docente e investigador visando a docência, a investigação, a assessoria ou a partilha de experiências.

Instituto Superior de Ciências da Informação e Administração (ISCIA)

O protocolo de cooperação com o ISCIA, assinado a 18 de Abril de 2013, foi celebrado tendo em consideração a importância da colaboração entre comunidades de conhecimento, instituições académicas e científicas, bem como da utilidade da internacionalização das práticas de formação superior e investigação científica, assim como as afinidades e potencialidades de cooperação entre Timor-Leste e Portugal.

Assim, com este protocolo, as duas instituições pretendem promover a cooperação entre si com o objectivo de realizar, conjuntamente, cursos profissionalizantes e actividades de natureza académica, investigação, científica, técnica, pedagógica e cultural em áreas de interesse comum, nomeadamente assuntos do mar, estratégica e autoridade marítima.

Entre outras iniciativas, as instituições comprometem-se a realizar ciclos de estudos visando a atribuição de graus académicos ou diplomas de pós-graduação; a cooperar no domínio da investigação, da docência e da formação ao nível graduado e pós-graduado; a promover o intercâmbio de pessoal docente e investigador, visando a docência, a investigação, a assessoria ou a partilha de experiência; assim como aceitar o intercâmbio de estudantes interessados em realizar estudos de graduação, pós-graduação ou trabalhos de investigação orientados para a obtenção de grau académico.

Timor Telecom

O protocolo assinado com a Timor Telecom, a 29 de Maio de 2013, contempla a cooperação a nível do fornecimento de serviços de Internet, de telecomunicações e de vídeoconferência, assim como o apoio, em termos de meios de comunicação, e patrocínio à realização de conferências, debates, colóquios e seminários.

Por seu lado, o IDN compromete-se a conceder condições vantajosas aos colaboradores da Timor Telecom que queiram frequentar os seus cursos, ciclos de estudo e demais actividades; a atribuir vagas para estágios profissionais; a realizar de forma conjunta colóquios e seminários; e a disponibilizar docentes e/ou formadores para cursos de formação que a Timor Telecom venha a realizar para os seus colaboradores.

Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas (ISCSP)

O protocolo de cooperação com o Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas (ISCSP) da Universidade Técnica de Lisboa foi assinado em Abril de 2013 e tem por objectivo realizar, conjuntamente, actividades de natureza académica, científica, técnica, pedagógica e cultural em áreas de interesse comum.

O protocolo celebrado contempla o desenvolvimento de um Plano Curricular para o Curso de Promoção a Oficial Superior (CPOS), que configura uma pós-graduação em “Ciências Militares” conferida pelo ISCSP.

No âmbito do mesmo, ambas as instituições comprometem-se a cooperar no domínio da investigação, da docência e da formação; a estabelecer programas para a realização de projectos de interesse comum; a promover o intercâmbio de pessoal docente visando a docência, a investigação, a assessoria ou a partilha de experiências; a aceitar o intercâmbio de estudantes interessados em realizar estudos de graduação, pós-graduação ou trabalhos de investigação orientados para a obtenção de grau académico; a incentivar a produção conjunta de documentos, nomeadamente de artigos científicos e técnicos;  a promover, em associação, seminários, colóquios, congressos e demais encontros de interesse científico, académico e cultural, entre outras iniciativas em conformidade com o espírito e natureza do protocolo celebrado.

O ISCSP compromete-se também a apoiar o IDN na concepção de planos de investigação, de inquéritos de estudos de cariz sociológico, no tratamento estatístico de questionários e na divulgação dos resultados dos estudos.

Nos termos do protocolo, o ISCSP compromete-se a assegurar a orientação científica das actividades de ensino e de investigação que vierem a ser desenvolvidas pelo IDN.

Universidade Nacional Timor Lorosa’e (UNTL)

O protocolo de cooperação assinado a 7 de Dezembro de 2012 com a UNTL contempla o fomento e o desenvolvimento de relações de cooperação, nomeadamente nas áreas da Formação de Recursos Humanos, Desenvolvimento Institucional, Defesa e Segurança, Estratégia, Liderança e Pesquisa e Investigação Científica.

Entre as actividades e programas contemplados no protocolo, incluem-se: a realização de ciclos de estudos conjuntos visando a atribuição de graus académicos; o intercâmbio de elementos do corpo docente e investigadores; parcerias de colaboração entre docentes e investigadores da UNTL e do IDN; o incremento e desenvolvimento de actividades conjuntas de ensino, investigação e desenvolvimento e inovação (I&D+I), pesquisa e capacitação institucional; a criação de acções conjuntas de formação, estágios e programas nos níveis de graduação e pós-graduação; a partilha de recursos do conhecimento (bibliotecas), instalações e/ou materiais e equipamentos, entre outras iniciativas em conformidade com o protocolo assinado.

Guarda Nacional Republicana (GNR)

O Instituto de Defesa Nacional de Timor-Leste (IDN-TL) e a Guarda Nacional Republicana (GNR) de Portugal assinaram um Protocolo de Cooperação Técnico-Policial a 15 de Junho de 2011. A já longa e estreita colaboração entre a GNR e a PNTL (Polícia Nacional de Timor-Leste), especialmente no tocante à formação e capacitação dos seus quadros, contribuiu para desenvolver a proximidade entre as duas forças de segurança.

No âmbito das futuras actividades do IDN concernentes à formação dos quadros das Falintil-Forças de Defesa de Timor-Leste (F-FDTL) e da PNTL, a GNR comprometeu-se, ao abrigo do protocolo, a disponibilizar assessores e formadores para apoiar as actividades do IDN que, por seu lado, os integrará nos respectivos programas de desenvolvimento e formação.

O protocolo contempla também acções de intercâmbio de formandos dos cursos de ambas as instituições, estágios, visitas de estudo, entre outras actividades consideradas relevantes para complementar a formação, em regime de reciprocidade. Igualmente, as instituições acordam em cooperar em matéria de estudos e trabalhos de investigação a levar a cabo pelos formandos de ambas as instituições.